Įgiję pradinį išsilavinimą, mokiniai pradeda mokytis pagal pagrindinio ugdymo programą, kuri trunka 6 metus. Pagrindinio ugdymo programą įgyvendina pagrindinės, profesinės mokyklos, progimnazijos, gimnazijos. Bendruosiuose ugdymo planuose, kuriais vadovaujasi mokyklos rengdamos savo planus, nustatyta, kad mokyklos mokymosi aplinka turi sudaryti galimybes mokinių aktyviam ugdymui, mokymuisi individualiai ir įvairaus dydžio grupėmis, praktinei, eksperimentinei, teorinei ir kitokiai veiklai.
Privaloma pagrindinio ugdymo programa sudaryta iš dviejų dalių: I dalis – ketverių metų, įgyvendinama 5–8 klasėse, ir II dalis – dvejų metų, įgyvendinama 9–10 (gimnazijos I–II) klasėse. Antrosios užsienio kalbos galima pradėti mokytis 5 klasėje, o 6 klasėje antroji užsienio kalba yra privaloma. Skatiname rinktis mokytis ES kalbas: vokiečių, prancūzų, ispanų ir kitas.
Nuo 9 klasės (gimnazijos I) sudaromos sąlygos mokiniams pasirinkti dalykų modulius, mokytis pasirenkamųjų dalykų pagal polinkius ir gebėjimus.
Jei mokykla nori, mokiniams, kuriems sunkiau mokytis, arba atvirkščiai – kurie mokosi itin sėkmingai, kuriam laikui gali sudaryti individualius ugdymo planus.
Mokiniui iki 16 metų mokytis privaloma. Privalomasis mokymasis paprastai trunka iki 10 klasės.
Baigę pagrindinio ugdymo programą ir norėdami įgyti pagrindinio ugdymo išsilavinimą, mokiniai laiko pagrindinio ugdymo pasiekimų patikrinimą. Laikomi privalomieji lietuvių kalbos ir matematikos pagrindinio ugdymo pasiekimų patikrinimai.
Įgiję pagrindinį išsilavinimą, toliau paaugliai gali mokytis pagal vidurinio ugdymo arba profesinio mokymo programą.
10 (gimnazijos II) klasės mokinys, turintis bent vieno dalyko nepatenkinamą metinį įvertinimą, paliekamas kartoti ugdymo programos pagrindinio ugdymo programos baigiamojoje klasėje. Nenorintis kartoti visų tos klasės ugdymo programos dalykų programos, gali mokytis tų ugdymo programos atskirų dalykų, kurių metinis įvertinimas nepatenkinamas, ir atsiskaityti.
